中國針對跨境交易的法規復雜棘手且變化頻繁，導致跨國公司在中國面臨一系列嚴峻的稅務挑戰。外國公司在投資周期的各個階段都會面對相應的稅務難題。由于這些問題通常比較復雜，跨國企業需要聘請專業團隊協助尋找最佳方案，妥善解決這些問題。跨國公司面臨的一些典型中國稅務問題如下：
受益所有權
中國已與近100個國家和地區簽署所得稅協定。根據中國國內稅法，外國企業獲得來源于中國的被動型收入通常需要繳納10%的預提所得稅。在特定條件下，稅務協定允許作為協定國居民的外國企業享受更低的優惠預提稅率。為了打擊濫用稅收協定行為，自2009年以來，僅當該外國企業滿足受益所有權要求的情況下，中國稅務機關才允許其根據相關稅務協定享受優惠預提稅率。為了獲得受益所有人的身份，外國企業需要證明其在協定居民國從事實質性經營活動并對中國來源的被動收入擁有支配權。在實際操作上，受益所有權的標準比較含糊，判定是否構成受益所有權仍然有許多不清晰的地方。
常設機構
如果某外國企業為稅收協定國居民，通常情況下，只有當該外國企業的在華商業活動形成協定中所稱的常設機構，中國才對其歸屬于中國常設機構的營業利潤擁有征稅權。中國對“常設機構”一詞的定義較為寬泛。構成在華常設機構的情形通常包括：外國企業在中國有固定經營場所、建筑工地、常駐外籍人員，或有權代替外國企業簽署商業合同的非獨立代理。近年來，中國稅務機關加大了對外國企業在中國從事直接商業活動的監控力度，并在常設機構的判定上遵循實質重于形式的原則。在華從事經營活動的跨國公司必須保持警惕，避免不慎產生中國企業所得稅應稅義務，就來源于中國境外的商業利潤向中國繳稅。
間接轉讓
中國對于間接轉讓的稅務規定獨具特色。當跨國公司在中國境外間接轉讓持有中國子公司權益的外國控股公司股權，該跨國公司通常需要向中國地方主管稅務機關對這項間接轉讓交易主動申報。如果地方稅務機關認為外國控股公司的設置缺乏合理商業目的，就可能將這項間接轉讓交易重新定性為跨國公司直接轉讓中國子公司的交易，并針對交易的溢價部分征收10%的中國預提所得稅。從2009年以來，中國稅務機關頻繁使用這項規定，對跨國公司間接轉讓進行征稅。對于許多跨國公司來講，如何說服中國稅務機關從稅務角度上認同境外的控股架構，是一個巨大的挑戰。
重組
中國的稅務重組條例規定，滿足法定條件的重組交易取得的收益準予全額或部分地延期納稅。相比于中國境內的稅務重組而言，跨國公司從事的跨境重組通常面臨更加嚴格的限制。只有三類跨境交易有資格享受延期納稅待遇。此外，中國免稅重組條例僅闡釋了一般稅收原則，大量具體操作問題未予解決。多數情況下，稅務局以外的政府機關的參與也是完成重組交易的重要一環。但是由于缺乏官方指導，跨國公司通常在推動不同地區的各級政府機關的協作時遇到較大問題。因此如何成功完成跨境重組并確保重組各方享受中國企業所得稅遞延納稅待遇是跨國公司面臨的一大障礙。
反避稅
中國的一般反避稅規則強調，稅務籌劃必須具有合理的商業目的。也就是說一項商業安排不得以減少、免除或者推遲繳納中國企業所得稅為主要目的。否則，稅務機關可以從中國企業所得稅的角度重新定性該項商業安排，并按照定性后的交易實質進行征稅。中國的一般反避稅規則定義尚不明確，沒有詳細解釋什么是合理商業目的。由于一般反避稅規則在解讀上極具有靈活性，該規則已經成為中國稅務機關解決逃稅問題，尤其是國際稅收領域的逃稅行為的有力武器。該規則的廣延性為在華跨國公司的跨境稅務籌劃帶來了諸多不確定性。
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